Wabak virus Nipah Malaysia 1998–1999 ialah wabak virus Nipah berlaku dari September 1998 hingga Mei 1999 di negeri Perak, Negeri Sembilan dan Selangor di Malaysia. Sejumlah 265 kes ensefalitis akut dengan 105 kematian yang disebabkan oleh virus itu dilaporkan di tiga negeri sepanjang wabak itu.[1] Pihak berkuasa kesihatan Malaysia pada pemikiran pertama ensefalitis Jepun (JE) menjadi penyebab utama jangkitan yang menjejaskan penggunaan langkah-langkah berkesan untuk mencegah penyebaran sebelum akhirnya dikenal pasti oleh seorang ahli virus tempatan disebabkan oleh agen yang baru ditubuhkan bernama virus Nipah (NiV), penyakit maut seperti penyakit virus Ebola (EVD) di mana ia menyerang sistem otak berbanding dengan yang menyerang saluran darah.[1][2]Wabak itu mencipta sejarah dalam kategori penyakit baru muncul di mana ia menyebabkan kerugian besar kepada nyawa haiwan dan manusia, yang menjejaskan perdagangan ternakan dan mewujudkan kemunduran yang ketara kepada sektor babi industri haiwan di Malaysia.[3] Negara ini juga menjadi asal-usul virus di mana ia tidak mempunyai lebih banyak kes sejak 1999 tetapi wabak kemudiannya terus berlaku di Bangladesh dan India.[4][5]